Au départ, le Chevalier arrive à Dirtmouth, une ville tranquille située juste au-dessus des vestiges du royaume d'Hallownest. En s'aventurant dans les ruines, les chevaliers apprennent qu'Hallownest était autrefois un royaume florissant qui s'est effondré après avoir été envahi par "l'Infection", une maladie surnaturelle qui peut infecter toute personne dotée de son libre arbitre. L'Infection donne à ses sujets une force accrue, mais au prix de leur civilité, provoquant la folie et la mort. Le roi pâle, souverain d'Hallownest, avait déjà tenté d'enfermer l'infection dans le temple de l'Œuf noir. Malgré les sceaux magiques du temple, la maladie a réussi à s'échapper et Hallownest est tombé en ruine. La mission du Chevalier est de trouver et de tuer trois insectes appelés les Rêveurs, qui agissent comme des sceaux vivants sur la porte du temple. Une fois les sceaux enlevés, le chevalier peut affronter la source de l'infection. Cette quête met le chevalier en conflit avec Hornet, un guerrier qui met à l'épreuve ses prouesses au cours de plusieurs batailles. Grâce à des dialogues avec des personnages non joueurs, des images de l'environnement et des écrits disséminés dans Hallownest, le chevalier apprend les origines de l'infection. Dans les temps anciens, une tribu de papillons de nuit vivant à Hallownest vénérait l'Éclat, un être primordial capable de contrôler l'esprit des autres insectes. Lorsque le Roi pâle arriva de loin à Hallownest, il utilisa ses pouvoirs pour donner de la sapience et de la connaissance aux créatures du royaume. Les papillons de nuit se joignirent bientôt aux autres insectes de Hallownest pour vénérer le Roi pâle, drainant le pouvoir de l'Éclat qui tombait peu à peu dans l'oubli. Sous les yeux du Roi pâle, le culte de l'Eclat se poursuivit, lui permettant de rester en vie dans le Royaume des Rêves[8]. Hallownest prospéra jusqu'à ce que l'Eclat commence à apparaître dans les rêves de ses habitants, empoisonnant leurs esprits avec l'Infection. Pour tenter d'endiguer la menace, le Roi pâle utilisa un ancien pouvoir, le Néant, pour créer les Vaisseaux, des créatures capables de piéger l'infection dans leur propre corps. Les Vaisseaux étant faits de Vide, on considère qu'ils n'ont pas de libre arbitre, ce qui leur permet de ne pas être infectés puisqu'ils ne peuvent pas rêver. Le Roi pâle a choisi un Vaisseau, le Chevalier creux, pour piéger la Radiance, laissant les autres enfermés dans un gouffre appelé l'Abîme. Une fois le Chevalier creux enfermé dans le Temple de l'Œuf noir, la Radiance a persisté dans le Vaisseau, affaiblissant les sceaux du temple et permettant à l'Infection de s'échapper. Tout au long du jeu, il est sous-entendu que le Chevalier est un Vaisseau qui a réussi à s'échapper des Abysses. Ils vainquent progressivement les Rêveurs et leurs gardiens, et retirent les sceaux de la porte. À l'intérieur, ils rencontrent le Chevalier creux infecté et se battent avec lui. En fonction des actions du joueur, plusieurs fins sont possibles. Ces fins incluent la défaite du Chevalier creux infecté et la prise de sa place pour contenir l'Éclat, la défaite du Chevalier creux avec l'aide de Hornet, ou l'utilisation de l'objet Cœur du vide pour combattre et vaincre directement l'Éclat à l'intérieur du Royaume des Rêves.