Merlin est né à Ealdor , un petit village situé dans le royaume de Cenred , Essetir . Sa mère est Hunith , et son père Balinor . Gaius aida Balinor, un dragonnier, à échapper à la Grande Purge d'Uther, en le cachant avec Hunith à Ealdor. Les deux hommes tombèrent amoureux, mais Uther découvrit bientôt la cachette de Balinor et envoya des chevaliers pour l'arrêter. Balinor fut contraint de s'enfuir, laissant Hunith derrière lui. Avant ou après le départ de Balinor, Hunith découvrit qu'elle était enceinte, et Merlin naquit plus tard. Merlin ne verra son père que bien des années plus tard. Merlin est né avec la magie, et selon cette légende, il a fait de la magie avant d'apprendre à parler. Selon le Grand Dragon, la naissance de Merlin a été prophétisée par de nombreuses cultures. Par exemple, les druides l'appellent "Emrys" (qui signifie "immortel"), un nom utilisé pour la première fois par Mordred . Le dragon a également déclaré que le destin de Merlin était de protéger Arthur Pendragon, de l'aider à unifier les royaumes d'Albion et de restaurer la magie dans la région. Durant son enfance en Ealdor, Merlin se lia d'amitié avec William, le seul à connaître l'existence de ses pouvoirs magiques. Un jour, Merlin abattit un arbre avec sa magie dans l'intention de couper du bois, manquant d'écraser le vieil homme Simmons, qui détestait Merlin, dans le processus. Mais selon Will, le grincheux l'a bien cherché. Merlin a quitté son village natal, Ealdor, pour vivre dans le royaume de Camelot, où il est devenu le serviteur du prince Arthur, avec lequel il est devenu un ami très proche. Dès lors, et en référence à la prophétie du Grand Dragon Kilgharrah, Merlin se met en devoir de protéger Arthur sur le chemin du trône. Merlin est destiné à devenir le plus grand et le plus puissant sorcier qui ait jamais existé, et à utiliser ses pouvoirs pour libérer la magie et faire revivre l'ancienne religion afin qu'elle coexiste avec la nouvelle. Il est également destiné à se tenir aux côtés d'Arthur en tant que conseiller et compagnon, et à réunir ainsi tous les royaumes du pays en Albion dans une ère de paix et de prospérité.