I början anländer riddaren till Dirtmouth, en lugn stad som ligger precis ovanför resterna av kungadömet Hallownest. När riddarna tar sig igenom ruinerna får de veta att Hallownest en gång var ett blomstrande kungarike som föll efter att ha blivit invaderat av "The Infection", en övernaturlig sjukdom som kan infektera alla som har en fri vilja. Infektionen ger sina undersåtar ökad styrka men på bekostnad av deras civilitet, vilket orsakar galenskap och odöd. Hallownests härskare, The Pale King, hade tidigare försökt låsa in smittan i Temple of the Black Egg. Trots templets magiska förseglingar lyckades sjukdomen fly och Hallownest föll i ruiner. Riddarens uppdrag är att hitta och döda tre insekter som kallas Drömmare, som fungerar som levande sigill på tempeldörren. När förseglingen har avlägsnats kan riddaren konfrontera källan till infektionen. Det här uppdraget för riddaren i konflikt med Hornet, en krigare som testar sin stridsförmåga i flera strider. Genom dialog med icke-spelarkaraktärer, miljöbilder och skrifter utspridda över hela Hallownest får riddaren reda på infektionens ursprung. Förr i tiden bodde en stam av malar i Hallownest som dyrkade Radiance, en urvarelse som kunde kontrollera andra insekters sinnen. När den bleka kungen anlände till Hallownest från fjärran använde han sina krafter till att ge varelserna i riket sapiens och kunskap. Malarna anslöt sig snart till de andra insekterna i Hallownest för att dyrka den bleka kungen och dränerade strålningens kraft när hon långsamt glömdes bort. Under den bleka kungens varsel fortsatte en viss dyrkan av Radiance, vilket gjorde att hon kunde hålla sig vid liv inne i drömriket[8]. Hallownest blomstrade tills Radiance började dyka upp i folkets drömmar och förgiftade deras sinnen med infektionen. I ett försök att begränsa hotet använde Pale King en uråldrig kraft som kallas Void för att skapa Vessels; varelser som kunde fånga infektionen i sina egna kroppar. Eftersom kärlen är gjorda av Void anses de inte ha någon fri vilja, vilket gör att de inte kan smittas eftersom de inte kan drömma. The Pale King valde ett kärl som kallades Hollow Knight för att fånga Radiance och lämnade resten inlåsta i en grop som kallas Abyss. Efter att den ihåliga riddaren låsts in i det svarta äggets tempel stannade strålningen kvar i kärlet, vilket försvagade templets förseglingar och tillät infektionen att fly. Genom hela spelet antyds det att riddaren var en Vessel som lyckades fly från avgrunden. De besegrar gradvis drömmarna och deras väktare och tar bort förseglingen på dörren. Där inne möter de och slåss med den infekterade Hollow Knight. Beroende på spelarens handlingar kan flera olika slut uppnås. Dessa slut inkluderar att riddaren besegrar den infekterade ihåliga riddaren och tar dess plats som innehåller Radiance, besegrar den ihåliga riddaren med Hornets hjälp eller använder Void Heart-objektet för att direkt slåss och besegra Radiance inne i Dream Realm.