Al principio, el Caballero llega a Dirtmouth, una tranquila ciudad que se encuentra justo encima de los restos del reino de Hallownest. A medida que el Caballero se aventura por las ruinas, se entera de que Hallownest fue una vez un reino floreciente que cayó tras ser invadido por "La Infección", una enfermedad sobrenatural que puede infectar a cualquiera que tenga libre albedrío. La Infección confiere a sus súbditos una mayor fuerza, pero a costa de su civismo, provocando la locura y la muerte. El gobernante de Hallownest, el Rey Pálido, había intentado anteriormente encerrar la Infección en el Templo del Huevo Negro. A pesar de los sellos mágicos del templo, la enfermedad consiguió escapar y Hallownest cayó en la ruina. La misión del Caballero es encontrar y matar a tres bichos llamados los Soñadores, que actúan como sellos vivientes en la puerta del templo. Una vez eliminados los sellos, el Caballero podrá enfrentarse a la fuente de la Infección. Esta búsqueda enfrenta al Caballero con Hornet, un guerrero que pone a prueba su destreza en el combate en varias batallas. A través del diálogo con personajes no jugadores, imágenes ambientales y escritos esparcidos por Hallownest, el Caballero aprende los orígenes de la Infección. En la antigüedad, una tribu de polillas que vivía en Hallownest adoraba al Resplandor, un ser primordial que podía controlar las mentes de otros bichos. Cuando el Rey Pálido llegó a Hallownest desde lejos, utilizó sus poderes para dotar de sapiencia y conocimiento a las criaturas del reino. Las polillas pronto se unieron a los demás bichos de Hallownest para adorar al Rey Pálido, drenando el poder del Resplandor mientras ella caía lentamente en el olvido. Bajo el aviso del Rey Pálido, continuó cierto culto al Resplandor, lo que le permitió seguir viva dentro del Reino de los Sueños[8]. Hallownest prosperó hasta que el Resplandor comenzó a aparecer en los sueños de sus habitantes, envenenando sus mentes con la Infección. En un intento de contener la amenaza, el Rey Pálido utilizó un antiguo poder llamado Vacío para crear los Recipientes, criaturas que podían atrapar la Infección en sus propios cuerpos. Debido a que los Recipientes están hechos de Vacío, se considera que no tienen libre albedrío, lo que les permite no ser infectados, ya que no pueden soñar. El Rey Pálido eligió una Vasija conocida como el Caballero Hueco para atrapar el Resplandor, dejando al resto encerrados en un pozo llamado Abismo. Después de que el Caballero Hueco fuera encerrado en el Templo del Huevo Negro, la Radiación persistió dentro del Recipiente, debilitando los sellos del templo y permitiendo que la Infección escapara. A lo largo del juego, se da a entender que el Caballero era una Vasija que consiguió escapar del Abismo. Poco a poco van derrotando a los Soñadores y a sus guardianes, eliminando los sellos de la puerta. Dentro, se encuentran y luchan con el Caballero Hueco infectado. Dependiendo de las acciones del jugador, se pueden conseguir varios finales. Estos finales incluyen derrotar al Caballero Hueco infectado y ocupar su lugar conteniendo el Resplandor, derrotar al Caballero Hueco con la ayuda de Hornet, o usar el objeto Corazón Vacío para luchar y derrotar directamente al Resplandor dentro del Reino de los Sueños.