No início, o Cavaleiro chega a Dirtmouth, uma cidade tranquila que fica logo acima das ruínas do reino de Hallownest. Enquanto se aventuram pelas ruínas, os Cavaleiros descobrem que Hallownest já foi um reino próspero que caiu depois de ser invadido pela "Infecção", uma doença sobrenatural que pode infectar qualquer pessoa que tenha livre arbítrio. A Infecção dá a seus súditos uma força maior, mas ao custo de sua civilidade, causando loucura e morte-viva. O governante de Hallownest, o Rei Pálido, já havia tentado prender a Infecção no Templo do Ovo Negro. Apesar dos selos mágicos do templo, a doença conseguiu escapar e Hallownest caiu em ruínas. A missão do Cavaleiro é encontrar e matar três insetos chamados Dreamers, que atuam como selos vivos na porta do templo. Depois que os selos forem removidos, o Cavaleiro poderá confrontar a fonte da Infecção. Essa missão coloca o Cavaleiro em conflito com Hornet, um guerreiro que testa suas habilidades de combate em várias batalhas. Por meio de diálogos com personagens que não são jogadores, imagens do ambiente e escritos espalhados por Hallownest, o Cavaleiro descobre as origens da Infecção. Nos tempos antigos, uma tribo de mariposas que vivia em Hallownest adorava o Radiance, um ser primordial que podia controlar a mente de outros insetos. Quando o Rei Pálido chegou a Hallownest de longe, ele usou seus poderes para dar sapiência e conhecimento às criaturas do reino. As mariposas logo se juntaram aos outros insetos de Hallownest e adoraram o Rei Pálido, drenando o poder da Radiance enquanto ela era lentamente esquecida. Sob o aviso do Rei Pálido, a adoração à Radiance continuou, permitindo que ela permanecesse viva dentro do Reino dos Sonhos[8]. Hallownest prosperou até que a Radiância começou a aparecer nos sonhos de seu povo, envenenando suas mentes com a Infecção. Em uma tentativa de conter a ameaça, o Rei Pálido usou um poder antigo chamado Void para criar os Vasos; criaturas que podiam prender a Infecção em seus próprios corpos. Como os Vessels são feitos de Void, considera-se que eles não têm livre arbítrio, o que permite que não sejam infectados, pois não podem sonhar. O Rei Pálido escolheu um recipiente conhecido como Cavaleiro Oco para prender a Radiância, deixando os demais trancados em um poço chamado Abismo. Depois que o Cavaleiro Oco foi trancado no Templo do Ovo Negro, a Radiância persistiu dentro do Vaso, enfraquecendo os selos do templo e permitindo que a Infecção escapasse. Durante todo o jogo, fica implícito que o Cavaleiro era um Recipiente que conseguiu escapar do Abismo. Aos poucos, eles derrotam os Dreamers e seus guardiões, removendo os selos da porta. Lá dentro, eles encontram e lutam com o Hollow Knight infectado. Dependendo das ações do jogador, vários finais podem ser alcançados. Esses finais incluem o Cavaleiro derrotando o Cavaleiro Oco infectado e tomando seu lugar contendo o Radiance, derrotando o Cavaleiro Oco com a ajuda do Hornet ou usando o item Void Heart para lutar e derrotar diretamente o Radiance dentro do Dream Realm.