In het begin komt de ridder aan in Dirtmouth, een rustig stadje dat net boven de overblijfselen van het koninkrijk Hallownest ligt. Terwijl de ridders door de ruïnes lopen, leren ze dat Hallownest ooit een bloeiend koninkrijk was dat ten onder ging nadat het werd overspoeld door "De Infectie", een bovennatuurlijke ziekte die iedereen met een vrije wil kan infecteren. De infectie geeft zijn onderdanen verhoogde kracht, maar ten koste van hun burgerlijkheid, waardoor waanzin en onsterfelijkheid ontstaan. De heerser van Hallownest, The Pale King, heeft eerder geprobeerd om de infectie op te sluiten in de Tempel van het Zwarte Ei. Ondanks de magische zegels van de tempel slaagde de ziekte erin te ontsnappen en viel Hallownest in puin. De missie van de ridder is om drie insecten te vinden en te doden, de Dreamers, die fungeren als de levende zegels op de tempeldeur. Zodra de zegels zijn verwijderd, kan de ridder de bron van de infectie confronteren. Deze zoektocht brengt de ridder in conflict met Hornet, een krijger die hun gevechtskwaliteiten op de proef stelt in verschillende gevechten. Door middel van dialogen met niet-spelerpersonages, omgevingsbeelden en geschriften verspreid door Hallownest, komt de ridder meer te weten over de oorsprong van de infectie. In vroegere tijden aanbad een stam motten die in Hallownest leefden de Radiance, een oerwezen dat de gedachten van andere insecten kon beheersen. Toen de Pale King van ver in Hallownest aankwam, gebruikte hij zijn krachten om de wezens van het rijk te voorzien van sapience en kennis. De motten voegden zich al snel bij de andere insecten van Hallownest om de Pale King te aanbidden, waardoor de kracht van de Radiance langzaam werd vergeten. Onder het toeziend oog van de Bleke Koning werd de Radiance nog steeds aanbeden, waardoor ze in leven kon blijven in het Droomrijk.[8] Hallownest bloeide totdat de Radiance in de dromen van de mensen verscheen en hun geest vergiftigde met de Infectie. In een poging de dreiging in te dammen, gebruikte de Pale King een oude kracht genaamd Void om de Vessels te creëren; wezens die de Infectie in hun eigen lichaam konden vangen. Omdat de Vessels van Void zijn gemaakt, worden ze geacht geen vrije wil te hebben, waardoor ze niet geïnfecteerd kunnen raken omdat ze niet kunnen dromen. De Pale King koos een Vessel dat bekend staat als de Hollow Knight om de Radiance in te vangen, en liet de rest opgesloten in een put genaamd de Abyss. Nadat de Hollow Knight was opgesloten in de Tempel van het Zwarte Ei, bleef de Radiance in het vat, waardoor de zegels van de tempel verzwakten en de infectie kon ontsnappen. Gedurende het spel wordt geïmpliceerd dat de Hollow Knight een Vessel was die uit de afgrond wist te ontsnappen. Ze verslaan geleidelijk de Dreamers en hun beschermers en verwijderen de zegels op de deur. Binnen komen ze de geïnfecteerde Hollow Knight tegen en vechten met hem. Afhankelijk van de acties van de speler zijn er meerdere eindes mogelijk. Deze eindes zijn onder andere dat de ridder de geïnfecteerde Hollow Knight verslaat en zijn plaats inneemt met de Radiance, dat hij de Hollow Knight verslaat met de hulp van Hornet of dat hij het Void Heart-voorwerp gebruikt om de Radiance in het Dream Realm rechtstreeks te bevechten en te verslaan.