Merlijn is geboren in Ealdor , een klein dorpje in het koninkrijk Cenred , Essetir . Zijn moeder is Hunith , en zijn vader was Balinor . Gaius hielp Balinor, een drakenheer, ontsnappen aan Uther's Grote Zuivering en verborg hem samen met Hunith in Ealdor. De twee werden verliefd, maar Uther ontdekte al snel Balinors schuilplaats en stuurde ridders om hem te arresteren. Balinor werd gedwongen te vluchten, Hunith achterlatend. Voor of na Balinors vertrek ontdekte Hunith dat ze zwanger was, en later werd Merlijn geboren. Merlijn zou haar vader pas vele jaren later zien. Merlijn werd geboren met magie, en volgens dit verhaal kon hij al toveren voordat hij leerde spreken. Volgens de Grote Draak werd Merlijns geboorte door vele culturen voorspeld. Druïden verwijzen bijvoorbeeld naar hem als "Emrys" (wat "onsterfelijk" betekent), een naam die voor het eerst door Mordred werd gebruikt. De Draak verklaarde ook dat het Merlijns lot was om Arthur Pendragon te beschermen en hem te helpen de koninkrijken van Albion te verenigen en de magie in de regio terug te brengen. Tijdens zijn jeugd in Ealdor raakte Merlijn bevriend met William , de enige die wist van het bestaan van zijn magische krachten. Op een keer velde Merlijn met zijn magie een boom om hout te hakken en verpletterde daarbij bijna de oude Simmons , die Merlijn haatte. Maar volgens Will had de chagrijn het verdiend. Merlijn verliet zijn geboortedorp, Ealdor, om in het koninkrijk Camelot te gaan wonen, waar hij de dienaar werd van Prins Arthur, met wie hij uiteindelijk zeer goed bevriend raakte. Sindsdien, en handelend naar aanleiding van de profetie van de Grote Draak, Kilgharrah, begon Merlijn zijn taak om Arthur te beschermen op zijn weg naar de troon. Merlijn is voorbestemd om de grootste en machtigste tovenaar te worden die ooit heeft geleefd, en om zijn krachten te gebruiken om magie te ontketenen en de Oude Religie nieuw leven in te blazen zodat deze naast de nieuwe religie kan bestaan. Ook hij is voorbestemd om aan Arthurs zijde te staan als zijn adviseur en metgezel, en zo alle koninkrijken van het land te herenigen tot Albion in een tijdperk van vrede en voorspoed.