Merlino è nato a Ealdor, un piccolo villaggio situato nel regno di Cenred, Essetir. Sua madre è Hunith e suo padre era Balinor. Gaius aiutò Balinor, un signore dei draghi, a sfuggire alla Grande Purga di Uther, nascondendolo con Hunith a Ealdor. I due si innamorarono, ma Uther scoprì presto il nascondiglio di Balinor e inviò dei cavalieri per arrestarlo. Balinor fu costretto a fuggire, lasciando indietro Hunith. Prima o dopo la partenza di Balinor, Hunith scoprì di essere incinta e in seguito nacque Merlino. Merlino avrebbe rivisto suo padre solo molti anni dopo. Merlino è nato con la magia e, secondo questa storia, ha fatto magie prima di imparare a parlare. Secondo il Grande Drago, la nascita di Merlino fu profetizzata da molte culture. Per esempio, i druidi si riferiscono a lui come "Emrys" (che significa "immortale"), un nome usato per la prima volta da Mordred. Il Drago affermò anche che il destino di Merlino era quello di proteggere Artù Pendragon e di aiutarlo a unire i regni di Albione e a riportare la magia nella regione. Durante la sua infanzia a Ealdor, Merlino fece amicizia con Guglielmo, l'unico a conoscere l'esistenza dei suoi poteri magici. In un'occasione, Merlino abbatte un albero con la sua magia per tagliare la legna, quasi schiacciando il vecchio Simmons, che odiava Merlino. Ma secondo Will, il brontolone se l'era cercata. Merlino lasciò il suo villaggio natale, Ealdor, per vivere nel regno di Camelot, dove divenne il servitore del principe Artù, con cui alla fine divenne molto amico. Da allora, agendo in riferimento alla profezia fatta dal Grande Drago, Kilgharrah, Merlino inizia il suo compito di proteggere Artù nel suo cammino verso il trono. Merlino è destinato a diventare il più grande e potente stregone mai esistito e a usare i suoi poteri per liberare la magia e far rinascere l'Antica Religione per farla coesistere con la nuova. Anche lui è destinato a stare al fianco di Artù come suo consigliere e compagno, e a riunire così tutti i regni del Paese in Albione in un'era di pace e prosperità.