Az elején a lovag Dirtmouthba érkezik, egy csendes városba, amely közvetlenül Hallownest királyságának maradványai felett fekszik. Ahogy a Lovag a romok között kalandozik, megtudja, hogy Hallownest egykor virágzó királyság volt, amely elesett, miután eluralkodott rajta a "Fertőzés", egy természetfeletti betegség, amely bárkit megfertőzhet, aki szabad akarattal rendelkezik. A Fertőzés fokozott erőt ad az alattvalóknak, ám ez a civilizációjuk rovására megy, őrületet és halhatatlanságot okozva. Hallownest uralkodója, a Sápadt Király korábban megpróbálta elzárni a Fertőzést a Fekete Tojás Templomába. A templom mágikus pecsétjei ellenére a betegségnek sikerült kiszabadulnia, és Hallownest romba dőlt. A lovag feladata, hogy megtalálja és megölje az Álmodozóknak nevezett három bogarat, akik a templom ajtaján lévő élő pecsétekként működnek. Amint a pecséteket eltávolították, a lovag szembeszállhat a fertőzés forrásával. Ez a küldetés a Lovagot összeütközésbe hozza Hornettel, egy harcossal, aki több csatában is próbára teszi harci képességeiket. A nem játékos karakterekkel folytatott párbeszédek, a környezeti képek és a Hallownestben szétszórt írások révén a Lovag megtudja a Fertőzés eredetét. Az ősi időkben a Hallownestben élő lepkék egy törzse imádta a Sugárzást, egy ősi lényt, aki képes volt irányítani más bogarak elméjét. Amikor a Sápadt Király messziről megérkezett Hallownestbe, erejét arra használta, hogy okosságot és tudást adjon a birodalom teremtményeinek. A molyok hamarosan csatlakoztak Hallownest többi bogarához, és imádták a Fakókirályt, elszívva a Sugárzás erejét, miközben lassan feledésbe merült. A Fakókirály észrevétele alatt a Sugárzás némi imádata folytatódott, lehetővé téve számára, hogy életben maradjon az Álombirodalomban[8]. Hallownest virágzott, amíg a Sugárzás meg nem kezdett megjelenni az emberek álmaiban, megmérgezve elméjüket a Fertőzéssel. A fenyegetés megfékezésére a Fakókirály egy ősi hatalmat, az Ürességet használta fel, hogy létrehozza a Vesszliket; olyan lényeket, amelyek a fertőzést a saját testükben tudták csapdába ejteni. Mivel a Vesselek az Ürességből készültek, úgy tekintik, hogy nincs szabad akaratuk, így nem fertőződhetnek meg, mivel nem tudnak álmodni. A Fakókirály egy Üreges Lovag nevű edényt választott ki a Sugárzás csapdájául, a többit pedig egy mélységnek nevezett gödörbe zárta. Miután az Üreges Lovagot bezárták a Fekete Tojás Templomába, a Sugárzás kitartott az edényben, meggyengítve a templom pecsétjeit, és lehetővé téve a Fertőzés kiszabadulását. A játék során végig arra utalnak, hogy a Lovag egy Vessel volt, akinek sikerült megszöknie a mélységből. Fokozatosan legyőzik az Álmodókat és őrzőiket, eltávolítva a pecséteket az ajtón. Odabent találkoznak és harcolnak a fertőzött Hollow Knight-tal. A játékos cselekedeteitől függően ezután többféle befejezés érhető el. Ezek a befejezések közé tartozik, hogy a lovag legyőzi a fertőzött Hollow Knightot, és átveszi a helyét a Radiance-t tartalmazva, legyőzi a Hollow Knightot Hornet segítségével, vagy a Void Heart tárgy segítségével közvetlenül harcol és legyőzi a Radiance-t az Álom Birodalmon belül.