Yukikolla on tummanruskeat silmät ja pitkät suorat mustat hiukset, jotka hän pitää siistinä punaisella hiuspannalla. TV-maailmassa hän käyttää muun tutkintaryhmän tavoin silmälaseja, jotka hänen tapauksessaan ovat punakehyksiset. Muiden tutkintaryhmän jäsenten tavoin hän käyttää koulupukuaan hieman muunneltuna, Yukiko käyttää Yasogamin lukion koulupukua sekä punaista villapaitaa ja mustia säärystimiä. Kesäkoulupäivinä hän esiintyy lähes samanlaisena, paitsi että hän ei käytä sukkahousuja edes Keskiyön kanavan sisällä ja hänen villapaitansa on nyt pienempi ja napittomampi. Tavallisilla lomapäivillä hänellä on punainen mekko ja liekkihuivi sekä mustat polvenkorkuiset saappaat, kun taas kesälomapäivinä hänellä on musta paita, jossa on pitkät hihat, lyhyt valkoinen hame ja valkoiset sandaalit. Kesäjuhlilla hän pukeutuu violettiin yukataan, jossa on vaaleanpunainen obi. Persona 4 Goldenissa talvikoulupäivinä hänellä on yllään beige takki ja punainen huivi, ja hiihtoretkellä hänellä on valkoinen lumipuku. Talvella hän käyttää valkoista v-kauluksellista toppia punaisen mekon päällä valkoista, johon on nauhalla kiinnitetty vyö. Hänellä on myös ruskeat käsivarrenlämmittimet, yhteensopivat sukkahousut ja lyhyet ruskeat saappaat. Epilogissa hänen hiuksensa ovat siistissä ponnarissa, ja hänellä on yllään lumivalkoinen mekko, taivaansininen villatakki ja valkoiset sandaalit. Yukiko Amagi on varautunut, hiljainen ja ujo tyttö, joka on kasvatettu jo varhain perinteisten japanilaisten tapojen mukaiseksi ja säädylliseksi naiseksi. Koulussaan hän on älykäs lukiolainen, joka saa luokassaan huippuarvosanoja ja tutoroi usein ainetta parhaan ystävänsä Chie Satonakan kanssa varhaislapsuudesta lähtien. Koska hänellä on yleisesti ottaen erittäin vähän ystäviä, hän on suosittu Yasogami Highissa enemmänkin perinteisen kauniin ulkonäkönsä ja naisellisen käytöksensä vuoksi poikien keskuudessa sekä myös naisellisten ominaisuuksiensa vuoksi, joita tytöt ihailevat ja/tai kadehtivat. Heillä on kuitenkin räikeää, peittelemätöntä kiinnostusta häntä ja majataloa kohtaan, joka on siihen nähden töykeää, vaikka hän osaa vastata siihen vain tavanomaisella kohteliaisuudellaan. Kun hän ei ole koulussa, hän työskentelee majatalossa, jossa häntä koulutetaan seuraavaksi johtajaksi sen jälkeen, kun hänen molemmat vanhempansa jäävät eläkkeelle. Hän on tietoinen korkealuokkaisesta maineestaan Inabassa, sillä hän on yhden Inaban tärkeimmistä nähtävyyksistä perijätär, mikä rohkaisee hänen varautunutta luonnettaan entisestään. Tämä on valitettavasti hyvin raskas taakka Yukikolle, sillä yhdessä muiden suulaisuuden kanssa häntä kohtaan, nämä velvollisuudet hukuttavat hänet, koska se tapahtuu hänen tunteidensa ja hyvinvointinsa kustannuksella, ja hänellä on huono itsetunto, ja hän tuntee olevansa luonnostaan arvoton kauniin ulkonäkönsä ja täytettyjen velvollisuuksiensa ulkopuolella. Hän ei avaudu kenellekään peläten olevansa kiittämätön ja itsekäs, mutta stressaa sisäisesti paineista joka tapauksessa. Olosuhteidensa aiheuttama paine saa hänet haluamaan "paeta" elämäänsä ja mennä minne tahansa muualle, mikä jopa vaarantaa hänen ystävyytensä Chien kanssa, kun hän on tajunnut, ettei edes hän voisi täyttää toivettaan pelastumisesta, mikä pakottaa hänet valitsemaan todellisten tunteidensa (vaikka ne olisivatkin vääriä) tai ystävänsä välillä. Mutta saatuaan ensimmäisen kerran kokemuksen varjomaailmassa ja kohdattuaan todelliset tunteensa tytöt kertovat toistensa todellisista tunteista ja siitä, kuinka eristyksissä he molemmat ovat tunteneet olonsa, murtamalla muurin, joka erotti heidät toisistaan. Pelastuttuaan ja palattuaan kotiinsa tyttö tulee rehellisemmäksi itselleen ja samalla palauttaa mukavuutensa periessään perheensä majatalon, ja löytää tasapainon molempien maailmojen välillä. Avauduttuaan muille ja huomattuaan perheensä ja henkilökuntansa tuen hän huomasi, että hän luuli, että hänen oli otettava vastuu majatalosta yksin, mistä johtui hänen aiempi stressinsä. Hän sitoutuu aktiivisesti ystäviinsä ja alkaa ajatella omilla ehdoillaan, tulkiten joskus tilanteita väärin ja/tai nauraen hillittömästi asioille, jotka hänestä ovat hauskoja, vaikka kukaan muu ei naura (esim. nauraa kauhuelokuvan pelottavalle hetkelle). Kohai- ja ystävätoveri Kanji Tatsumi (tarinatilassaan "P4A") on todennut Yukikon olevan ennakkoluuloton ja suorapuheinen ihminen. Vaikka tutkintaryhmän jäsenet ovat yllättyneitä hänen käytöksestään, joka on ristiriidassa hänen tyylikkään ja hillityn ulkonäkönsä kanssa, Yukiko on usein huomattu empaattisuudestaan ja rohkeudestaan, joka on täysin järkähtämätön karmivien tunnelmien ja ympäristöjen edessä. Toisin kuin paras ystävänsä, häntä eivät hyönteiset häiritse pätkääkään ja hän nauttii suuresti kauhutarinoista. Hän rakastaa ystäviään ja välittää heistä, samoin kuin vanhemmistaan ja majatalon henkilökunnasta. Yukiko on hyvin epäitsekäs ja kannustava nuori nainen, joka ei epäröi riskeerata henkeään pelastaakseen tai suojellakseen hädänalaisia, vaikka hän ei saisi siitä mitään hyötyä. Hän myös arvostaa syvästi kotikaupunkiaan Inabaa ja vannoo tulevansa vahvaksi ja luotettavaksi ihmiseksi, jotta jonain päivänä hän voi vuorostaan tukea ja suojella kaupunkiaan ja kansaansa, aivan kuten he ovat armollisesti tehneet hänelle, kun hän kasvoi. Hän suhtautuu vakavasti uusien ystäviensä hyvinvointiin, kuten Persona 4 Arenassa, kun Yukiko lupaa juhlallisesti pelastaa Labrysin vaaroilta ja suojelee häntä vahingolta juuri äskettäin sen jälkeen, kun hän oli ystävystynyt hänen kanssaan (vaikkakin tämä tapahtui hänen omassa tarinatilassaan), ja Persona Q:ssa, jossa Yukiko vakuuttaa Reille ja Zenille, että he ovat turvassa niin kauan kuin hän on lähellä, ja menee jopa niin pitkälle, että hänestä tulee Rein isosisko sen jälkeen, kun Rei on kysynyt häneltä, voiko hän kutsua Yukikkoa Yuki-chaniksi. Hänen suurin epävarmuutensa on se, että hänet pakotetaan elämään, joka ei ole hänen. Hänen perheensä pyörittää historiallista Amagi Inn -hotellia, jonka perinne on siirtää perillinen jälkeläisilleen. Koska Yukiko ei halua tuottaa pettymystä rakkailleen, hän hyväksyy velvollisuudet ja tekee parhaansa niiden noudattamiseksi, mutta tuntee myös tukehtuvansa niihin. Chiestä tulee hänelle erityinen, koska hän suojelee häntä, torjuu aggressiivisten poikien ei-toivottua huomiota koulussa ja piristää Yukikoa (esimerkiksi pitää Yukikon alun perin löytämää koiraa, jotta Yukiko voi tulla käymään sen luona Chien luona). Mutta hän tajuaa, ettei Chie voi viedä häntä pois vaativasta elämästään. Kun hänet on heitetty televisioon, hän on sekä riemuissaan että kauhuissaan nähdessään tutkintaryhmän tulevan apuun, erityisesti Chien. Hän pyytää Chietä anteeksi, että hän näkee hänet läheisriippuvaisena purkautumiskeinona murheilleen eikä aitona ystävänä, jonka hän tunsi kerran pikkutyttönä. Yukiko lol Yukiko saa naurukohtauksen myöntäessään, että Chien ruoanlaitto on kamalaa. Yukikon huumorintaju on ainutlaatuinen, ja se voi johtaa siihen, että hän saa hallitsemattomia naurukohtauksia. Tämä edustaa hänen ajattelutapaansa, joka on riippumaton yhteiskunnallisista paineista ja perustuu hänen omiin tunteisiinsa ja järkeilyynsä. Jos asia ei ole hänen mielestään humoristinen tai hän ei ymmärrä vitsiä, hän ei edes pakota sääliä nauramaan. Hänen naurunsa on Yukikon ele, jolla hän ilmaisee itseään rehellisesti ja avoimesti muille. Ajattelutapansa vuoksi hän tulkitsee sosiaalisia tilanteita toisinaan naiivisti väärin, koska hän työskentelee jatkuvasti majatalossa ja hänellä on vain vähän vapaa-aikaa seurustella ja nauttia nuoruudestaan. Esimerkiksi ilotulitusjuhlien yönä Yosuke vihjasi, että Teddie etsi hänen aikuistenlehtiään; hän erehtyy luulemaan vihjauksen tarkoittavan, että Teddie etsi Yosuken rahoja. Yukiko ei ole koskaan puhunut poikien kanssa yksin, eikä hänellä ole ymmärrystä siitä, millainen vastakkainen sukupuoli yleensä on. Siksi hän hermostuu äärimmäisen paljon aina, kun Teddie vitsailee "seksikkään uroksen kanssa". Yksi asia, joka loukkaa Yukikoa suuresti, on se, että häntä ahdistellaan tai esineellistetään seksuaalisesti. Läpsittyään Yosukea, kun hän luuli tämän lähentelevän häntä, hän pyysi anteeksi tajuttuaan todellisen totuuden. Hän myös läimäytti Kanjia estääkseen tätä väkisin kyselemästä Yukikon varjosta hieman perverssin näköisellä tavalla ja pyysi anteeksi, että läimäytti häntä "liian kovaa". Aina kun Yukiko on vihainen tai järkyttynyt, muut huomauttavat, kuinka pelottava ja pelottava hän voi olla, kun häntä painostetaan. Kuten hänen paras ystävänsä Chie, Yukiko on tunnetusti kamala kokki, mikä on sarjassa toistuva vitsi. Koulun leiriretkellä tyttöjen yritys kokata päivällistä päättyi niin kamalasti, että Yosuke kutsui heidän kokkaamaansa currya ja kaikkia heidän tulevia kokkauksiaan nimellä "Mystery Food X". Yukikolla on absurdi ruoanlaittologiikka, ja hän sekoittaa ruoanlaitossaan villisti sopimattomia ainesosia keskenään, mikä johtaa mauttomiin lopputuloksiin. Koska Yukiko on lämminsydäminen, herkkä tyttö, kukaan hänen ystävistään ei uskalla rehellisesti myöntää tunteitaan hänen ruoanlaittoaan kohtaan. Tästä huolimatta Yukiko ei pelkää kertoa rehellisesti ajatuksiaan Chien ruoanlaitosta, vain siksi, että hän löytää siinä huumoria. Mitsuon pidätyksen juhlallisuuksissa, joissa tutkintaryhmä kokkaa Nanako Dojimalle munakkaita, Yukikon tekemä munakas ei maistu lainkaan. Tämä ei ole ongelma hänen ystävänpäivätapahtumassaan, sillä hän toteaa, että hän antoi Amagi Innin kokit valmistamaan päähenkilön suklaan. Japanin kielessä hänen kunniallinen puhetapansa juontaa juurensa Keigon (敬語; kunnioittava kieli) sivumuodosta Kenjougo (謙譲語), joka on kunnioittava ja nöyrä tapa puhua ja olla vuorovaikutuksessa muiden kanssa.