Aluksi ritari saapuu Dirtmouthiin, rauhalliseen kaupunkiin, joka sijaitsee Hallownestin kuningaskunnan jäänteiden yläpuolella. Kun ritari kulkee raunioiden läpi, he saavat tietää, että Hallownest oli aikoinaan kukoistava valtakunta, joka kaatui, kun "Tartunta", yliluonnollinen tauti, joka voi tartuttaa kenet tahansa, jolla on vapaa tahto, valtasi sen. Tartunta antaa alamaisilleen voimaa, mutta se vie heidän sivistyneisyytensä, aiheuttaa hulluutta ja kuolemattomuutta. Hallownestin hallitsija, The Pale King, oli aiemmin yrittänyt lukita tartunnan Mustan munan temppeliin. Temppelin maagisista sineteistä huolimatta tauti pääsi pakenemaan, ja Hallownest tuhoutui. Ritarin tehtävänä on löytää ja tappaa kolme ötökkää nimeltä Uneksijat, jotka toimivat temppelin oven elävinä sinetteinä. Kun sinetit on poistettu, ritari voi kohdata tartunnan lähteen. Tämä tehtävä tuo ritarin konfliktiin Hornetin kanssa, soturin, joka testaa hänen taistelutaitojaan useissa taisteluissa. Muiden kuin pelaajien hahmojen kanssa käytävän vuoropuhelun, ympäristön kuvien ja Hallownestiin ripoteltujen kirjoitusten avulla ritari saa selville tartunnan alkuperän. Muinaisina aikoina Hallownestissa asunut koiheimo palvoi Radiancea, alkukantaista olentoa, joka pystyi hallitsemaan muiden ötököiden mieliä. Kun Kalpea Kuningas saapui Hallownestiin kaukaa, hän käytti voimiaan antaakseen valtakunnan olennoille viisautta ja tietoa. Koit liittyivät pian Hallownestin muiden ötököiden joukkoon palvomaan Kalpeaa kuningasta, mikä vei Säteilyn voiman, kun se vähitellen unohtui. Kalpean Kuninkaan huomion alla osa Säteilijän palvonnasta jatkui, mikä salli hänen pysyä hengissä Unen valtakunnan sisällä[8]. Hallownest kukoisti, kunnes Radiance alkoi ilmestyä sen asukkaiden uniin myrkyttäen heidän mielensä tartunnalla. Yrittäessään hillitä uhkaa Kalpea Kuningas käytti muinaista voimaa nimeltä Void luodakseen astioita; olentoja, jotka pystyivät vangitsemaan tartunnan omaan kehoonsa. Koska Astiat on tehty tyhjyydestä, niillä ei katsota olevan vapaata tahtoa, joten ne eivät voi saada tartuntaa, koska ne eivät voi nähdä unta. Kalpea kuningas valitsi Ontto Ritari -nimisen astian vangitsemaan Säteilyn ja jätti loput lukkojen taakse kuiluun nimeltä Abyss. Kun ontto ritari oli lukittu Mustan munan temppeliin, Säde säilyi astiassa, mikä heikensi temppelin sinettejä ja mahdollisti tartunnan karkaamisen. Koko pelin ajan annetaan ymmärtää, että ritari oli astia, joka onnistui pakenemaan Abyssista. He voittavat vähitellen Uneksijat ja heidän vartijansa ja poistavat oven sinetit. Sisällä he kohtaavat tartunnan saaneen Hollow Knightin ja taistelevat sitä vastaan. Pelaajan toimista riippuen voidaan saavuttaa useita lopputuloksia. Näihin päätepisteisiin kuuluu, että ritari voittaa tartunnan saaneen ontton ritarin ja ottaa sen paikan, jossa Radiance on, voittaa ontton ritarin Hornetin avustuksella tai käyttää Void Heart -esineitä taistellakseen suoraan Radiancea vastaan ja kukistaakseen sen Dream Realmissa.