Merlin syntyi Ealdorissa , pienessä kylässä, joka sijaitsee Cenredin kuningaskunnassa Essetirissä. Hänen äitinsä on Hunith , ja hänen isänsä oli Balinor . Gaius auttoi lohikäärmeherra Balinoria pakenemaan Utherin suurta puhdistusta ja piilotti hänet Hunithin kanssa Ealdoriin. He rakastuivat toisiinsa, mutta Uther löysi pian Balinorin piilopaikan ja lähetti ritarit pidättämään hänet. Balinor joutui pakenemaan ja jätti Hunithin taakseen. Ennen Balinorin lähtöä tai sen jälkeen Hunith huomasi olevansa raskaana, ja myöhemmin syntyi Merlin. Merlin näki isänsä vasta monta vuotta myöhemmin. Merlin syntyi taikavoimin, ja tämän mukaan hän taikoi jo ennen kuin oppi puhumaan. Suuren lohikäärmeen mukaan Merlinin syntymä oli ennustettu monissa kulttuureissa. Esimerkiksi druidit kutsuvat häntä nimellä "Emrys" (joka tarkoittaa "kuolematonta"), jota Mordred käytti ensimmäisen kerran. Lohikäärme totesi myös, että Merlinin kohtalona oli suojella Arthur Pendragonia ja auttaa häntä yhdistämään Albionin kuningaskunnat ja palauttamaan taikuus alueelle. Lapsuudessaan Ealdorissa Merlin ystävystyi Williamin kanssa, joka oli ainoa, joka tiesi hänen maagisten voimiensa olemassaolosta. Erään kerran Merlin kaatoi taikuudellaan puun, jonka tarkoituksena oli pilkkoa puuta, ja melkein murskasi vanhan Simmonsin , joka vihasi Merliniä. Mutta Willin mukaan äreä kaveri oli ansainnut sen. Merlin lähti kotikylästään Ealdorista Camelotin valtakuntaan, jossa hänestä tuli prinssi Arthurin palvelija, jonka kanssa hänestä tuli lopulta hyvin läheinen ystävä. Siitä lähtien ja suuren lohikäärmeen, Kilgharrahin, tekemään ennustukseen viitaten Merlin alkoi suojella Arthuria tämän matkalla valtaistuimelle. Merlinin kohtalona on tulla suurimmaksi ja voimakkaimmaksi velhoksi, joka on koskaan elänyt, ja käyttää voimiaan taikuuden vapauttamiseen ja vanhan uskonnon elvyttämiseen uuden uskonnon rinnalla. Myös hänen kohtalonsa on seistä Arthurin rinnalla tämän neuvonantajana ja kumppanina, ja näin yhdistää kaikki valtakunnat Albioniksi rauhan ja vaurauden aikakaudelle.