Merlin wurde in Ealdor geboren, einem kleinen Dorf im Königreich Cenred, Essetir. Seine Mutter ist Hunith , und sein Vater war Balinor . Gaius half Balinor, einem Drachenlord, aus Uthers Großer Säuberung zu entkommen und versteckte ihn bei Hunith in Ealdor. Die beiden verliebten sich ineinander, doch Uther entdeckte bald Balinors Versteck und schickte Ritter aus, um ihn zu verhaften. Balinor war gezwungen zu fliehen und ließ Hunith zurück. Vor oder nach Balinors Abreise entdeckte Hunith, dass sie schwanger war, und Merlin wurde später geboren. Merlin sah seinen Vater erst viele Jahre später wieder. Merlin wurde mit Magie geboren, und demnach zauberte er schon, bevor er sprechen lernte. Dem Großen Drachen zufolge wurde Merlins Geburt von vielen Kulturen prophezeit. Die Druiden nennen ihn zum Beispiel "Emrys" (was "unsterblich" bedeutet), ein Name, der zuerst von Mordred verwendet wurde. Der Drache erklärte auch, dass es Merlins Bestimmung sei, Arthur Pendragon zu beschützen und ihm zu helfen, die Königreiche von Albion zu vereinen und die Magie in die Region zurückzubringen. Während seiner Kindheit in Ealdor freundete sich Merlin mit William an, dem einzigen Menschen, der von der Existenz seiner magischen Kräfte wusste. Einmal fällte Merlin mit seiner Magie einen Baum, um Holz zu hacken, und erschlug dabei fast den alten Mann Simmons, der Merlin hasste. Aber Will zufolge hatte der mürrische Kerl es verdient. Merlin verließ sein Heimatdorf Ealdor, um im Königreich Camelot zu leben, wo er der Diener von Prinz Arthur wurde, mit dem er schließlich sehr eng befreundet wurde. Seitdem hat Merlin in Anlehnung an die Prophezeiung des Großen Drachen Kilgharrah seine Pflicht erfüllt, Arthur auf seinem Weg zum Thron zu beschützen. Merlin ist dazu bestimmt, der größte und mächtigste Zauberer zu werden, der je gelebt hat, und seine Kräfte zu nutzen, um Magie zu entfesseln und die Alte Religion wiederzubeleben, um mit der neuen Religion zu koexistieren. Auch er ist dazu bestimmt, Artus als sein Berater und Gefährte zur Seite zu stehen und so in einer Ära des Friedens und des Wohlstands alle Königreiche des Landes wieder in Albion zu vereinen.