Na začátku rytíř přijíždí do Dirtmouthu, klidného městečka, které leží těsně nad zbytky království Hallownest. Když se rytíř vydá na průzkum ruin, dozví se, že Hallownest byl kdysi kvetoucím královstvím, které padlo poté, co ho zachvátila "Nákaza", nadpřirozená nemoc, která může nakazit každého, kdo má svobodnou vůli. Nákaza dává svým poddaným zvýšenou sílu, ale za cenu ztráty jejich občanské zdatnosti a způsobuje šílenství a smrt. Vládce Hallownestu, Bledý král, se již dříve pokusil Nákazu uzavřít v Chrámu černého vejce. Navzdory magickým pečetím chrámu se nákaze podařilo uniknout a Hallownest se propadl do zkázy. Úkolem rytíře je najít a zabít tři brouky zvané Snílci, kteří fungují jako živé pečetě na dveřích chrámu. Po odstranění pečetí se rytíř může postavit zdroji nákazy. Tento úkol přivádí rytíře do konfliktu s válečníkem Hornetem, který v několika bitvách prověří jejich bojové schopnosti. Prostřednictvím dialogů s nehráčskými postavami, obrazů z prostředí a spisů roztroušených po celém Hallownestu se rytíř dozvídá o původu Nákazy. V dávných dobách kmen můr, který žil v Hallownestu, uctíval Záření, prapůvodní bytost, která dokázala ovládat mysl ostatních brouků. Když do Hallownestu z dálky dorazil Bledý král, využil své moci, aby dal tvorům v říši moudrost a vědomosti. Můry se brzy připojily k ostatním broukům Hallownestu a uctívaly Bledého krále, čímž vysávaly sílu Záře, která byla pomalu zapomenuta. Pod dohledem Bledého krále někteří uctívali Zářivku dál a umožnili jí zůstat naživu uvnitř Říše snů[8]. Hallownest prosperoval, dokud se Záře nezačala zjevovat ve snech jeho obyvatel a neotrávila jejich mysl Nákazou. Ve snaze hrozbu potlačit použil Bledý král prastarou sílu zvanou Prázdnota a vytvořil Nádoby; tvory, kteří dokázali Nákazu uvěznit ve vlastním těle. Vzhledem k tomu, že jsou Nádoby vytvořeny z Prázdnoty, jsou považovány za bytosti bez svobodné vůle, což jim umožňuje nebýt nakaženi, protože nemohou snít. Bledý král si vybral Nádobu známou jako Dutý rytíř, aby uvěznila Záření, a ostatní nechal zavřené v jámě zvané Propast. Poté, co byl Dutý rytíř uzamčen v Chrámu černého vejce, Záření v Nádobě přetrvalo, oslabilo pečeti chrámu a umožnilo Nákaze uniknout. V průběhu hry je naznačováno, že Rytíř byl Nádobou, které se podařilo uniknout z Propasti. Postupně porazí Snílky a jejich strážce a odstraní pečetě na dveřích. Uvnitř se setkávají s nakaženým Hollow Knightem a bojují s ním. V závislosti na hráčově jednání pak lze dosáhnout několika konců. Mezi tato zakončení patří poražení infikovaného Hollow Knighta a obsazení jeho místa obsahujícího Radiance, poražení Hollow Knighta s Hornetovou pomocí nebo použití předmětu Void Heart k přímému boji a poražení Radiance uvnitř Říše snů.