Merlin se narodil v Ealdoru , malé vesnici v království Cenred , Essetir . Jeho matkou je Hunith , jeho otcem byl Balinor . Gaius pomohl Balinorovi , dračímu vládci , uniknout Utherově Velké čistce a ukryl ho u Hunith v Ealdoru . Ti dva se do sebe zamilovali, ale Uther brzy odhalil Balinorův úkryt a poslal rytíře, aby ho zatkli. Balinor byl nucen uprchnout a zanechal Hunith za sebou. Před Balinorovým odchodem nebo po něm Hunith zjistila, že je těhotná, a později se narodil Merlin. Merlin svého otce spatřil až o mnoho let později. Merlin se narodil s magií , a podle toho kouzlil dříve, než se naučil mluvit. Podle Velkého draka , bylo Merlinovo narození předpovězeno mnoha kulturami. Například druidové ho označují jako "Emrys" (což znamená "nesmrtelný"), což je jméno, které poprvé použil Mordred . Drak také prohlásil, že Merlinovým osudem je chránit Artuše Pendragona , pomoci mu sjednotit království Albionu a vrátit do kraje magii. Během svého dětství v Ealdoru se Merlin spřátelil s Vilémem , který jako jediný věděl o existenci jeho magických schopností. Při jedné příležitosti Merlin porazil strom svou magií s úmyslem naštípat dřevo a málem při tom rozdrtil starce Simmonse , který Merlina nenáviděl. Podle Willa si to však ten bručoun zasloužil. Merlin opustil svou rodnou vesnici Ealdor , aby žil v království Kamelot , kde se stal služebníkem prince Artuše, s nímž se nakonec velmi spřátelil. Od té doby a v návaznosti na proroctví, které vyslovil Velký drak Kilgharrah, začal Merlin plnit svou povinnost chránit Artuše na jeho cestě k trůnu. Merlin je předurčen k tomu, aby se stal největším a nejmocnějším čarodějem, který kdy žil, a využil své moci k rozpoutání magie a oživení Starého náboženství, aby mohlo koexistovat s novým náboženstvím. I on je předurčen stát po Artušově boku jako jeho rádce a společník, a tak sjednotit všechna království země do Albionu v éře míru a prosperity.